O que são sequenciamento do genoma completo e sequenciamento shotgun?

Esses são métodos usados ​​para avaliar as sequências de DNA do genoma de um organismo em um único momento.

Semelhança

As semelhanças entre o sequenciamento do genoma completo e o sequenciamento shotgun incluem;

• Ambos estão envolvidos no sequenciamento de fragmentos de ácido desoxirribonucleico
• Ambas as técnicas envolvem fragmentação genômica
• Ambas as técnicas usam digitalização e são baseadas em computador
• Ambas as técnicas desempenham um papel crítico nos estudos de pesquisa e no diagnóstico molecular

Sequenciamento do genoma completo

O sequenciamento do genoma completo também conhecido como (WGS) é uma técnica detalhada para investigar toda a sequência genômica do ácido desoxirribonucléico de uma célula em um único momento.

O sequenciamento do genoma inteiro tornou-se disponível após a publicação do Projeto Genoma Humano, que forneceu a referência para sequências do genoma humano.

Sequenciamento de espingarda

O sequenciamento Shotgun envolve a divisão não planejada do ácido desoxirribonucléico, quebrando as sequências do ácido desoxirribonucléico em muitos fragmentos pequenos e, em seguida, montando-os novamente (a sequência), descobrindo as regiões da sobreposição.

Diferença entre sequenciamento do genoma completo e shotgun

Descrição

Sequenciamento do genoma completo

O sequenciamento do genoma completo (WGS) é um processo de arranjo de uma etapa. Nessa técnica, o cisalhamento de todo o genoma (conjunto haplóide de cromossomos em um microrganismo) ocorre primeiro. Depois disso, cada um desses pequenos fragmentos frágeis passa por um processo de arranjo aleatório. Depois que esse arranjo ou sequenciamento for concluído, a análise ocorre. Há eliminação do processo de sequenciamento sobreposto no momento da avaliação do arranjo / sequências, e a avaliação não é uma técnica ordenada. Portanto, a montagem de sequências é um processo menos bem-sucedido e eficaz. No entanto, o processo de sequenciamento do genoma completo é mais rápido e a avaliação de todo o genoma (conjunto haplóide de cromossomos em um microrganismo) pode ocorrer em uma única instância.

Sequenciamento de espingarda

O sequenciamento Shotgun é um método laboratorial para avaliar a sequência do ácido desoxirribonucléico do material genético de um organismo (genoma). A técnica inclui quebrar o material genético do organismo em minúsculos fragmentos de ácido desoxirribonucléico que representam o sequenciamento individual.

Usos

Sequenciamento do genoma completo

• Doença recém-nascida e pediátrica - deduz variantes estruturais e faz a varredura de áreas exônicas que não foram capturadas de forma adequada.
• Testes de drogas e farmacogenômica - WGS oferece um mecanismo inicial benéfico para testes clínicos, que ajudam a classificar indivíduos (pacientes) com base em sua resposta ao medicamento ou droga em estudo.
• Variação regulatória e eQTLs
• Tipos de rumores raros - WGS é o método correto para investigar tumores raros. A técnica ajuda a estudar e capturar a gama completa de mutações, desde mudanças de base única (uma única base no ácido desoxirribonucléico difere da base usual naquela posição) a rearranjos cromossômicos maiores, em um experimento único.
• Clan Genomics - Family Disease Pedigrees - seleciona pedigrees multiplex de famílias afetadas por problemas genéticos.
• Grandes coortes com fenotipagem extensa

Sequenciamento de espingarda

• Investiga a sequência do ácido desoxirribonucléico do genoma de um organismo.
• Método eficiente para sequenciar indiretamente o ácido ribonucleico ou proteínas (por meio de suas estruturas de leitura aberta)
• O método mais preferido para todos os outros tipos de conjunto haplóide de cromossomos em um sequenciamento de microrganismos também. O conjunto haplóide total de cromossomos de muitos organismos, - a vaca, galinha, rato, planta Arabidopsis thaliana, baiacu e muitos organismos microscópicos foram sequenciados seguindo esta técnica.
• Assembléias de novo quase concluídas e quase finais de genomas microbianos em muito menos dias
• O poder de sequenciar genomas grandes e complexos
• Sistema GS FLX + lê comprimentos de até 1 kb
• Executar montagens híbridas

Passos

Sequenciamento do genoma completo

• Gerar leituras de sequenciamento diretamente de um repositório de genoma completo (conjunto haplóide de cromossomos em um microrganismo)
• Aplicação de métodos computacionais para remontagem em uma única etapa
• Usado para a mosca da fruta (Drosophila Melanogaster) e pela Celera Genomics (desenvolvida em 1998) para o genoma humano (conjunto haplóide de cromossomos em um microrganismo)

Sequenciamento de espingarda

• As etapas no sequenciamento de espingarda incluem;
• Preparação da biblioteca
• Sequenciamento dos fragmentos de cfDNA
• Contagem de fragmentos
• Alinhamento de sequência
• Análise estatística e relatórios.

Resumo

Os pontos de diferença entre o sequenciamento do genoma completo e o sequenciamento shotgun foram resumidos como abaixo:

Sequenciamento do genoma completo Vs sequenciamento do Shotgun