Que son a secuenciación do xenoma enteiro e a secuenciación de escopeta?

Trátase de métodos empregados para avaliar e secuencias de ADN do xenoma dun organismo á vez.

Semellanza

As similitudes entre a secuenciación do xenoma enteiro e a secuenciación de escopeta inclúen;

• Ambos están implicados na secuenciación de fragmentos de ácido desoxirribonucleico
• Ambas técnicas implican fragmentación xenómica
• Ambas técnicas utilizan a dixitalización e están baseadas en computadoras
• Ambas técnicas xogan un papel fundamental nos estudos de investigación e no diagnóstico molecular

Secuenciación do xenoma enteiro

A secuenciación de xenoma enteiro (WGS) é unha técnica detallada para investigar toda a secuencia xenómica de ácido desoxirribonucleico dunha célula á vez.

A secuenciación do xenoma enteiro estivo dispoñible despois de publicar o Proxecto Xenoma Humano, que proporcionou a referencia para as secuencias do xenoma humano.

Secuenciación de escopeta

A secuenciación de escopeta implica a división non planificada de ácido desoxirribonucleico que rompe as secuencias de ácido desoxirribonucleico en moitos pequenos fragmentos e logo volve montalas (a secuencia) descubrindo as rexións do solapamento.

Diferenza entre a secuenciación do xenoma enteiro e a escopeta

Descrición

Secuenciación do xenoma enteiro

A secuenciación do xenoma enteiro (WGS) é un proceso de arranxo nun paso. Nesta técnica prodúcese primeiro o corte do xenoma enteiro (conxunto haploide de cromosomas nun microorganismo). Despois disto, cada un destes pequenos fragmentos fráxiles sofre un proceso de arranxo ao azar. Unha vez que se completa este arranxo ou secuenciación, ten lugar a análise. Hai eliminación do proceso de secuenciación solapado no momento da avaliación da disposición / secuencias, e a avaliación non é unha técnica ordenada. Polo tanto, a montaxe de secuencias é un proceso menos exitoso e eficaz. Non obstante, o proceso de secuenciación do xenoma enteiro é máis rápido e a avaliación de todo o xenoma (conxunto haploide de cromosomas nun microorganismo) pode ter lugar nunha única instancia.

Secuenciación de escopeta

A secuenciación de escopeta é un método de laboratorio para avaliar a secuencia de ácido desoxirribonucleico do material xenético dun organismo (xenoma). A técnica inclúe a división do material xenético do organismo en pequenos fragmentos de ácido desoxiribonucleico que representan a secuenciación individual.

Usos

Secuenciación do xenoma enteiro

• Enfermidade recentemente nada e pediátrica: deduce variantes estruturais e analiza áreas exónicas que non se capturan adecuadamente.
• Ensaios farmacolóxicos e farmacoxenómica: o WGS ofrece un mecanismo beneficioso para os ensaios clínicos, que axudan na clasificación de individuos (pacientes) en función da súa resposta á medicación ou medicamento obxecto de estudo.
• Variación normativa e eQTL
• Tipos de rumores raros: o WGS é o método correcto para investigar tumores raros. A técnica axuda a estudar e captar a gama completa de mutacións, desde cambios de base única (unha única base no ácido desoxiribonucleico difiere da base habitual nesa posición) ata maiores reordenamentos cromosómicos, nun experimento único.
• Clom Genomics - Family Disease Pedigrees - billa os xenealóxicos multiplex de familias afectadas por problemas xenéticos.
• Cohortes grandes con fenotipado extenso

Secuenciación de escopeta

• Investiga a secuencia de ácido desoxiribonucleico do xenoma dun organismo.
• Método eficiente para secuenciar indirectamente o ácido ribonucleico ou as proteínas (a través dos seus marcos de lectura abertos)
• O método máis preferido para todos os demais tipos de cromosomas haploides nunha secuenciación de microorganismos tamén. O conxunto haploide total de cromosomas de moitos organismos: a vaca, a galiña, a rata, a planta Arabidopsis thaliana, o peixe globo e moitos organismos microscópicos secuenciáronse seguindo esta técnica.
• Conxuntos de novo case acabados e case finais de xenomas microbianos en moi menos días
• O poder de secuenciar xenomas grandes e complexos
• Lectura do sistema GS FLX + de ata 1 kb
• Realiza montaxes híbridos

Pasos

Secuenciación do xenoma enteiro

• A xeración de secuencias le directamente desde un repositorio -xenoma (conxunto haploide de cromosomas nun microorganismo)
• Aplicación de métodos computacionais para recompoñer nun único paso
• Usado para a mosca da froita (Drosophila Melanogaster) e por Celera Genomics (desenvolvido en 1998) para o xenoma humano (conxunto haploide de cromosomas nun microorganismo)

Secuenciación de escopeta

• Os pasos na secuenciación de escopeta inclúen;
• Preparación da biblioteca
• Secuenciación dos fragmentos de ADNc
• Reconto de fragmentos
• Aliñamento de secuencias
• Análise estatística e presentación de informes.

Resumo

Os puntos de diferenza entre a secuenciación do xenoma enteiro e a secuenciación de escopeta resumíronse como segue:

Secuenciación de xenoma enteiro contra secuenciación de escopeta